中国科学院紫金山天文台合作交流据2015年12月天文台官网信息显示，紫金山天文台与南京大学、上海天文台和中国科技大学建立“华东天文与天体物理中心”，和南京大学建立“粒子－核－宇宙学联合研究中心”两个合作单元

2009年与南京大学、国家天文台南京天文光学技术研究所一起签订了“南京天文与空间科学技术园区合作协议”；与东南大学签订了战略合作协议，联合研发中国自主的南极支撑平台；与国家天文台、上海天文台等一起和中国科技大学签订天文英才班协议，联合培养天文人才；与日本国立天文台、美国哈佛-史密松天体物理中心、荷兰空间研究机构（SRON）等重点开展太赫兹超导探测技术合作；牵头中法航天合作SMESE卫星预研项目

紫金山天文台发起的东亚天文会议已经成为东亚地区主要的天文交流平台之一

 2012年，中国科学院紫金山天文台与美国、英国、法国、德国、俄罗斯、西班牙、芬兰、意大利、日本、韩国、澳门及香港等21个国家（地区）共有在签协议11个；联合发表论文约76篇；主办或协办各类国际会议4个，包括“中德太阳物理双边学术研讨会”、“2012南极巡天望远镜国际合作会议”、“太赫兹超导探测技术研讨会”、“星系形成与宇宙大尺度结构”等，参会国外学者近60人次；聘请外国专家特聘研究员3人（新增2个）；全年出访人员159人次，来访人员152人次；与德国、法国、美国、英国等科研所联合培养博士生23人；共有国际天文联合会（IAU）正式会员64人

 中国科学院紫金山天文台于2022年8月6日-9日举办了中国空间站工程巡天望远镜科学数据仿真交流会

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