中国科学院广州能源研究所科研部门截至2014年9月,研究所有国家级研发中心1个,中国科学院重点实验室2个,广东省级重点实验室1个,中国科学院研究中心1个
有五山和黄花岗2个园区,2个实验基地
国家级研发中心:国家能源生物燃料研发中心 中国科学院重点实验室:可再生能源重点实验室、天然气水合物重点实验室 广东省级重点实验室:广东省新能源和可再生能源研究开发与应用重点实验室 中国科学院研究中心:广州天然气水合物研究中心 所级重点实验室:生物质生化转化学实验室、生物质热化学转化实验室、生物质催化转化实验室、废弃物处理与资源化利用实验室、天然气水合物基础研究实验室、天然气水合物开采技术与综合利用实验室、天然气水合物成藏机制研究实验室、集成技术中心、能源化工实验室、能源战略研究中心、海洋能实验室、太阳能实验室、燃烧与热流实验室、地热能实验室、可再生能源发电与微电网技术实验室、有机能源材料实验室、制氢与利用实验室、环境能源材料实验室、储能技术实验室、热流体与先进能源系统实验室
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