中国科学院生态环境研究中心荣誉表彰1999年，中国科学院生态环境研究中心进入中国科学院知识创新工程试点
2010年，在知识创新工程综合评估中，中国科学院生态环境研究中心获资环领域并列第一，研究所综合评估A，被评为中国科学院A类研究所
2011年，中国科学院生态环境研究中心第一批进入中国科学院“创新2020”和“一三五”发展规划择优支持研究所
2014年1月，中国科学院生态环境研究中心POPs研究集体获“2013年中国科学院杰出成就奖”
2017年1月，中国科学院生态环境研究中心获中科院“十二五”人事人才工作先进单位称号
4月，北京城市生态系统研究站被评为“2016年度全国优秀科普教育基地”
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