中国科学院自动化研究所科研部门据2022年3月研究所官网显示，自动化所现有包括模式识别国家重点实验室、复杂系统管理与控制国家重点实验室、国家专用集成电路设计工程技术研究中心三个国家级平台在内的研究中心14个，与国际及港澳台地区研究机构共建中欧联合实验室等国际合作创新平台5个
国家重点实验室：模式识别国家重点实验室、复杂系统管理与控制国家重点实验室 国家工程技术研究中心：国家专用集成电路设计工程技术研究中心 中国科学院重点实验室：中国科学院分子影像重点实验室 国际共建机构：中法信息、自动化与应用数学联合实验室，中新数字媒体研究院，中科院自动化所—香港科技大学智能识别联合实验室，中澳脑网络组联合实验室，中瑞数据密集型神经科学联合实验室等
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