中国科学院合肥物质科学研究院历史沿革2000年下半年开始，根据中国科学院实施知识创新工程试点工作的总体部署，中国科学院合肥分院和四个研究所开始酝酿、讨论和制定合肥分院与四个所进行整合，成立中国科学院合肥研究院，整体进入中国科学院“二期创新工程试点”的创新方案

2001年5月11日，中国科学院第六次院长办公会议审议并原则通过了这个方案

同年11月中国科学院批准合肥分院及安徽光学精密机械研究所、等离子体物理研究所、固体物理研究所开始整合，合并成一个法人单位—-中国科学院合肥研究院（暂用名），合肥智能机械研究所因当时中国科学院意将其作为科学院的改制单位，未同意其整合进入合肥研究院

2003年5月8日，中央机构编制委员会办公室正式批复中国科学院合肥分院、中国科学院安徽光机所、中国科学院等离子体物理所、中国科学院固体物理所合并为中国科学院合肥物质科学研究院

同年6月17日，中国科学院正式行文批准取消中国科学院合肥分院、中国科学院安徽光机所、中国科学院等离子体物理所、中国科学院固体物理所四个法人单位资格，成立一个新的法人代表单位——中国科学院合肥物质科学研究院，新的研究院成立后，研究所成为研究院下属的非法人科研单位，合肥分院正式撤消，相关职能转交合肥物质科学研究院

2004年4月16日，中国科学院鉴于合肥智能机械研究所的学科方向已按院里的要求进行了调整，遂不再坚持将智能所改制的意见，批准同意智能所取消法人资格，归属合肥物质科学研究院

2005年12月28日，由合肥物质科学研究院和中国科学技术大学联合共建，挂靠合肥研究院的非法人研究单元“合肥强磁场科学技术研究中心”成立

2006年4月30日，成立安徽循环经济技术工程院

2008年4月30日，中国科学院批准成立中国科学院强磁场科学中心（非法人研究单元），依托合肥物质科学研究院管理

 2014年，合肥研究院在原“循环经济工程院” 的基础上，新成立了应用技术研究所，同时成立一个科技成果转移转化机构——“中国科学院合肥技术创新工程院”

同年11月，合肥研究院与中科大联合申请合肥大科学中心正式获批，成为中科院首批大科学中心

同年12月31日，合肥研究院成为中科院“机器人与智能制造”创新研究院的分部之一

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