中国科学院过程工程研究所科研部门截至2014年底，中国科学院过程工程研究所有3个国家重点实验室，3个省部级实验室，及过程工程研发中心、生物质研究中心、循环经济技术研究中心、过程污染控制环境工程研究中心、太阳能研究中心、过程工程中关村开放实验室等科研机构
国家级实验室：生化工程国家重点实验室、多相复杂系统国家重点实验室、湿法冶金清洁生产技术国家工程实验室 省部级实验室：离子液体清洁过程北京市重点实验室、中国科学院绿色过程与工程重点实验室、国家生化工程技术研究中心（北京）
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