中国科学院电工研究所科研部门截至2014年底，中国科学院电工研究所设有6个实验室下设18个研究部，建设有2个国家能源研究中心、4个中国科学院重点实验室、2个北京市重点实验室、1个北京市工程实验室、1个北京市工程技术中心、2个检测中心（站）

该所还与地方政府合作共建了中国科学院电工研究所无锡分所等4个研究机构；与企业合作共建了8个联合研究机构；与国际研究机构共同成立了5个国际联合实验室（机构）

所设实验室：可再生能源发电技术实验室、电力设备新技术实验室、电力电子与电能变换技术实验室、直流电网科学技术实验室、超导与新材料应用研究实验室、电磁生物学与电磁探测技术实验室国家能源研究中心：国家能源超导电力技术研发中心、国家能源电力电子技术研发中心；中国科学院重点实验室：应用超导重点实验室、太阳能热利用及光伏系统重点实验室、风能利用重点实验室（联）、电力电子与电气驱动重点实验室；北京市重点实验室：太阳能发电技术重点实验室和生物电磁学重点实验室；北京市工程实验室：电驱动系统大功率电力电子器件封装技术北京市工程实验室；北京市工程技术中心：北京市太阳能热发电工程技术研究中心；检测中心（站）：中国科学院太阳光伏发电系统和风力发电系统质量检测中心、中国科学院电工研究所避雷装置安全检测站

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