中国科学院合肥物质科学研究院学科建设截至2014年底，中国科学院合肥物质科学研究院共设有7个二级学科博士研究生培养点，13个二级学科硕士研究生培养点和9个学科工程硕士培养点；设有5个博士后流动站
二级学科硕士点：等离子体物理、凝聚态物理、光学、大气物理学与大气环境、生物物理学、精密仪器与机械、材料物理与化学、制冷与低温工程、电工理论与新技术、检测技术与自动化装置、计算机应用技术、核能科学与工程、核技术及应用 工程硕士培养点：仪器仪表工程、材料工程、动力工程、电气工程、控制工程、计算机技术、核能与核技术工程、环境工程、生物工程 二级学科博士点：离子体物理、凝聚态物理、光学、大气物理学与大气环境、生物物理学、材料物理与化学、核能科学与工程博士后流动站：等离子物理、凝聚态物理、光学、大气科学、核科学与技术
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