中国科学院新疆天文台科研部门截至2016年3月，新疆天文台建有四个独立的野外观测站，设有三个专业研究室，新疆天文学会挂靠新疆天文台；拥有中国科学院射电天文重点实验室（成员）、新疆射电天体物理重点实验室、新疆大学—国家天文台联合天体物理中心、射电天文与技术国际联合研究中心、中国—中亚天文学史联合研究中心等科研机构
野外观测站：巴音布鲁克GNSS基准站、喀什卫星地面站、南山观测基地、乌拉斯台GNSS基准站 研究室：射电天文研究室、光学天文与技术应用研究室、应用天文研究室
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