中国科学院科技政策与管理科学研究所科研部门根据2016年1月研究所官网显示，研究所设有12个研究室
有5个院级研究中心，与合作伙伴共建6个研究中心，有6个研究所级研究中心
院级研究中心：中国科学院战略研究中心、中国科学院创新发展研究中心、中国科学院自然与社会交叉科学研究中心、中国科学院管理创新与评估研究中心、中国科学院知识产权研究与培训中心 共建研究中心：能源与环境政策研究中心、北京科技政策研究中心、北京城市运行与发展研究中心、中德联合创新研究中心、青海创新发展研究院、创新发展与公共治理协同创新中心 研究所级研究中心：政策模拟研究中心、国际问题研究中心、统筹与安全管理研究中心、中国高新区研究中心、环境政策研究中心、社会治理与风险研究中心
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