中国科学院地质与地球物理研究所科研机构截至2018年11月，研究所建有国家重点实验室1个，中国科学院重点实验室5个，国家自然科学基金委创新研究群体7个和深部资源探测先导技术与装备研发中心；已建成地球物质成分与性质分析、地质年代学测定、地球内部结构探测、空间环境观测野外台站、古环境数据分析、数据计算处理与数值模拟、深部资源勘探装备研发等七大技术平台系列
国家重点实验室：岩石圈演化国家重点实验室国家自然科学基金委创新研究群体：干旱区环境演化与全球变化、地球磁场与地球外核动力学、俯冲碰撞造山的岩石学过程、青藏高原东部隆升的深部结构与地表过程响应、地球早期演化的微区同位素制约等 院重点实验室：地球与行星物理、页岩气与地质工程、矿产资源研究、油气资源研究、新生代地质与环境
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