中国科学院上海生命科学研究院科研部门截至2014年底，中国科学院上海生命科学研究院有10个研究机构，5个院地合作共建机构

有4个国家重点实验室，9个中科院重点实验室，1个中国科学院科学卓越创新中心，1个国家重大科技基础设施，1个上海市重点实验室

  研究机构：生物化学与细胞生物学研究所、神经科学研究所、上海药物研究所、植物生理生态研究所、健康科学研究所、营养科学研究所、上海巴斯德研究所、计算生物学研究所、上海植物逆境生物学研究中心、中科院-二军大转化医学研究院 院地合作共建机构：中科院上海辰山植物科学研究中心、中科院-二军大转化医学研究院、中科院上海临床研究中心、上海工业生物技术研发中心、上海生物医学工程研究中心、中科院湖州应用技术研究和产业化中心 国家重点实验室：分子生物学国家重点实验室、植物分子遗传国家重点实验室、神经科学国家重点实验室、细胞生物学国家重点实验室  中国科学院科学卓越创新中心：中国科学院脑科学卓越创新中心 国家重大科技基础设施：国家蛋白质科学研究上海设施 中科院重点实验室：干细胞生物学重点实验室、系统生物学重点实验室、营养与代谢重点实验室、合成生物学重点实验室、计算生物学重点实验室、昆虫发育与进化生物学重点实验室、分子病毒与免疫重点实验室、灵长类生物学重点实验室、食品安全重点实验室  上海市重点实验室：分子男科学重点实验室  

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