中国科学院西北生态环境资源研究院油气资源研究中心合并后1999年6月，中国科学院地质研究所和中国科学院地球物理研究所整合，成立中国科学院地质与地球物理研究所
2004年9月7日，院党组决定将兰州地质所与北京地质与地球物理研究所进行整合
同年，中国科学院武汉物理与数学研究所电离层研究室整体调整到中国科学院地质与地球物理研究所
2005年，中国科学院气体地球化学重点实验室与中国科学院地质与地球物理研究所油气资源研究室整合
2006年12月，成立中国科学院地质与地球物理研究所兰州油气资源研究中心
2009年4月，中国科学院地质与地球物理研究所油气资源研究室更名为中国科学院油气资源研究重点实验室
2013年10月，甘肃省油气资源研究重点实验室成立
2016年6月24日，中国科学院西北生态环境资源研究院在兰州成立，整合了兰州油气资源研究中心，中心更名为中国科学院西北生态环境资源研究院油气资源研究中心
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