中国科学院昆明动物研究所科研部门据2015年10月研究所官网显示，该所共有研究团队34个；有1个国家重点实验室、3个中国科学院重点实验室、2个科学家小组、3个联合实验室、1个研究中心、其他研究中心4个、2个野外台站
国家重点实验室：遗传资源与进化国家重点实验室 中国科学院重点实验室：中国科学院和云南省动物模型与人类疾病机理重点实验室、中国科学院与云南省共建的“动物生殖生物学重点实验室”、“畜禽分子生物学重点实验室” 科学家小组：中国科学院青年科学家小组、德国马普青年科学家小组 联合实验室：生物资源与疾病分子机理联合实验室、中国科学院-英国东安格里亚大学生态学与环境保护中心、中国科学院-云南省人民政府西南生物多样性实验室 其他研究中心：中国科学院昆明灵长类研究中心、中国科学院生命条形码南方中心、昆明国家生物产业基地实验动物中心、中国科学院昆明生物多样性大型仪器区域中心 野外台站：无量山黑冠长臂猿监测站、昭通大山包野生动物野外观测站
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