中国科学院天津工业生物技术研究所科研部门根据2015年12月研究所官网显示，中国科学院天津工业生物技术研究所设有1个国家工程实验室，1个中国科学院重点实验室，1个市级重点实验室和3个研究中心，天津工业生物所获科技部批准为国家级国际科技合作基地
国家工程实验室：工业酶国家工程实验室 中国科学院重点实验室：中国科学院系统微生物工程重点实验室 市级重点实验室：天津市工业生物系统与过程工程重点实验室 院级研究中心：工业蛋白质科学与生物催化工程研究中心、合成生物学与微生物制造工程研究中心、生物系统与生物工艺工程研究中心
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