中国科学院生物化学与细胞生物学研究所研究部门生化与细胞所形成了以分子生物学国家重点实验室、细胞生物学国家重点实验室、国家蛋白质科学研究中心·上海（筹）为支撑的三大研究集群，涵盖基因调控、RNA、表观遗传学，蛋白质科学，细胞信号转导，细胞与干细胞生物学，癌症和其它重大疾病机理五大前沿领域
据2018年生化与细胞所官网显示，生化与细胞所获批成立分子细胞科学卓越创新中心，共有2个中国国家重点实验室、1个中国科学院重点实验室、1个中国国家重大科技基础设施、1个上海市重点实验室，拥有72个独立研究组；是中国生物化学与分子生物学会、中国细胞生物学学会、上海生物化学与分子生物学学会、上海细胞生物学学会的挂靠单位
中国国家重点实验室：分子生物学国家重点实验室、细胞生物学国家重点实验室中国科学院重点实验室：中国科学院系统生物学重点实验室中国国家重大科技基础设施：国家蛋白质科学研究上海设施上海市重点实验室：上海市分子男科学重点实验室
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