中国科学院上海有机化学研究所科研部门截至2018年8月，上海有机所有2个国家重点实验室，4个中国科学院重点实验室，以及设有中科院生物与化学交叉研究中心
国家重点实验室（2个）：生命有机化学国家重点实验室、金属有机化学国家重点实验室中国科学院重点实验室（4个）：中国科学院氟化学重点实验室、中国科学院天然产物有机合成化学重点实验室、中科院有机功能分子合成与组装化学重点实验室、中科院能量调控材料重点实验室 中科院研究中心（1个）：中科院生物与化学交叉研究中心
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