中国科学院南京地理与湖泊研究所学术期刊《湖泊科学》《湖泊科学》创刊于1989年，由中国科学院南京地理与湖泊研究所和中国海洋湖沼学会联合主办，主要报道湖泊（含水库）及其流域在人与自然相互作用下资源、生态、环境变化的最新研究成果，刊载与湖泊科学有关的各学科（如物理学、化学、生物学、生态学、地质学、地理学等）以及湖泊工程、流域综合管理的理论性或应用性研究论文、简报和综述
《湖泊科学》 2006起改为双月刊，每 1、3、5、7、9、11月6日由科学出版社出版《湖泊科学》已经被中国所有数据库（机构）列为核心期刊，并被数10家国际专业数据库收录
根据中国科学技术信息研究所2015年9月公布的2014年度中国科技期刊引证报告（核心版），《湖泊科学》综合评价总分排名水文学、海洋科学类第一；其中，影响因子为0.937（水文学、海洋科学类第一），总被引频次达2034 次（水文学、海洋科学类第一）；如果按照中国科技期刊引证报告（扩刊版）的统计数据，《湖泊科学》2014年的影响因子和总被引频次分别为1.191 和2714 次
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