中国科学院上海药物研究所科研部门截至2014年底，上海药物所共有4个国家级研究中心，6个研究室，11个技术平台研究中心
国家级研究中心：新药研究国家重点实验室、国家新药筛选中心、中药标准化技术国家工程实验室、国家化合物样品库 研究室：药物化学研究室、天然药物化学研究室、药理学第一、第二、第三研究室、中国科学院受体结构与功能重点实验室 技术平台研究中心：药物发现与设计中心、药效评价研究中心、上海药物代谢研究中心、药物安全评价研究中心、药物释放系统研究中心、中药现代化研究中心、药物质量控制与固体化学研究中心、化学蛋白质组学研究中心、药物靶标结构及功能研究中心、神经药理国际科学家工作站、蛋白质折叠国际科学家工作站
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