中国科学院上海药物研究所合作交流根据2016年3月研究所官网显示，研究所与法国 Servier 公司的合作 在药物筛选及治疗糖尿病新药发现方面进行合作研究

2007年9月双方签署了共建药物所-施维雅联合研发中心的协议，在中枢神经系统新型靶点和功能确认、先导化合物发现以及神经精神、肿瘤、糖尿病等疾病的新药研究领域积极开展项目合作

2012年2月，共建“早期药物代谢和毒性评价”联合实验室

 1999年9月，药物所与瑞士爱泰隆（Actelion）公司共建了联合室，在中国首次运用遥测（Telemetry）技术开展实验研究

2010年7月，建成了全新应用遥测技术的安全药理实验室，在基于抗肿瘤药物新靶点的创新药物研究领域开展合作研究

 2007年3月，药物所与全球大型制药企业阿斯利康（AstraZeneca）公司签署了为期十年的“药物安全评价战略联盟”合作协议

2010年7月，双方合作的“药物安全评价战略联盟”实验设施完成建设并投入使用

 2008年4月，由国家新药筛选中心、上海张江生物医药基地开发有限公司、世界卫生组织和诺和诺德公司共建包含天然产物及合成化合物在内占地6000多平方米的化合物样品库

2012年建成国家化合物样品库，是亚洲国家非盈利机构拥有的最大化合物库之一

 2014年，研究所有在研国际合作项目28项，新签国际合作项目协议4个，国际合作项目到位经费4500万元，其中：药物所－施维雅早期联合实验室共建立早期药物代谢评价体系，与比利时UCB 公司开展计算生物学合作项目，加入由美国GPCR 数据共享联盟，全年接待来访团组40个180 多人次，其中特别接待葡萄牙共和国总统卡瓦科、泰国公主朱拉蓬等外国政要访问，全年共邀请50场中外专家学术报告，组织和承办7场国际学术会议，提升了药物所的国际知名度和影响力

 2021年11月17日，先声药业宣布与中国科学院上海药物研究所（上海药物所）等就抗新型冠状病毒（SARS CoV 2）新药开发达成项目合作

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