中国农业科学院植物保护研究所学科建设据2016年11月研究所官网显示，研究所拥有1个博士后流动站，8个重点二级学科的硕、博士学位授权点
学科类别学科名称博士后流动站植物保护学一级学科博士点、硕士点植物保护学二级学科博士点、硕士点植物病理学农业昆虫与害虫防治农药学杂草学入侵生物学转基因生物安全学生物防治学生物化学与分子生物学
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