中国农业科学院植物保护研究所教学建设据2016年11月研究所官网显示，研究所共有在籍博士生79人，硕士生217人，联合培养客座研究生200余人，外籍研究生16人
研究生由中国农业科学院研究生院统一组织招生、授课和学位授予，课程学习期间由研究生院实行全方位管理；课程结束后跟随导师进入研究所开展课题研究，直到完成毕业论文，在所期间，研究生主要由各专业研究所负责管理，研究生院进行辅助管理
研究所定期评选研究生奖学金 ，参与中国农业科学院研究生院年度优秀论文的评选
2016年9月，研究所3名研究生获中国农科院2015年度优秀论文奖
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