中国农业科学院家禽研究所研究部门据2017年10月研究所官网显示，研究所设有10个研究室，拥有2个国家级创新平台、4个农业部创新平台、3个江苏省创新平台，建有中国家禽业信息中心；开办了扬州翔龙禽业发展有限公司、中禽传媒（江苏）有限公司、江苏省家禽科学研究所育种中心、扬州市蚕种场等产业实体
研究室：环境控制与设施研究室、资源保护与评价研究室、水禽育种与生产研究室、产业信息与经济研究室、质量安全与加工研究室、肉鸡育种与生产研究室、蛋鸡育种与生产研究室、特禽育种与生产研究室、家禽饲料与营养研究室、禽病预防与控制研究室 国家级创新平台：国家级地方鸡种基因库（江苏）、国家家禽生产性能测定站农业部创新平台：农业部禽类产品质量安全风险评估实验室、农业部种禽质量安全监督检验中心、农业部家禽品质监督检验测试中心（扬州）、农业部饲料和饲料添加剂有效性试验机构江苏省创新平台：江苏省家禽遗传育种重点实验室、江苏省家禽育种中心、江苏省家禽保健药品工程技术研究中心
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