中国农业科学院麻类研究所研究部门据2017年12月研究所官网显示，研究所设有9个研究部门，拥有农业部实验室3个、农业部野外科学观测试验站1个、农业部质量监督检验测试中心1个、国家农作物种质资源圃1个、国家改良中心1个、国家级农作物种质库1个、湖南省重点实验室1个、湖南省工程技术研究中心1个、中国农业科学院科研平台3个、国际合作平台4个，在湖南长沙、沅江、花垣、汉寿西湖以及湖北利川、十堰、山东泰安、海南文昌等地建有试验示范基地

 农业部实验室：农业部麻类生物学与加工重点实验室、农业部生物学与加工重点开放实验室、农业部植物纤维产品质量安全风险评估实验室农业部野外科学观测试验站：农业部沅江麻类资源重点野外科学观测试验站农业部质量监督检验测试中心：农业部麻类产品质量监督检验测试中心国家农作物种质资源圃：国家苎麻种质资源圃国家改良中心：国家麻类作物育种中心国家级农作物种质库：国家麻类作物中期库湖南省重点实验室：湖南省麻类遗传育种与麻产品生物加工重点实验室湖南省工程技术研究中心：湖南省麻类工程技术研究中心中国农业科学院科研平台：中国农业科学院生物质能源研究长沙分中心、中国农业科学院南方经济作物研究中心、中国农业科学院农产品加工微生物菌种保藏库 国际合作平台：中波麻类分子生物学联合实验室、中韩蔬菜分子育种联合实验室、中马国际红麻育种实验站、中加植物病原菌分子生态学联合实验室 研究所试验示范基地：白箬铺创新综合试验基地、野生纤维植物保护圃、泰安麻产业试验示范基地、南方饲料作物种质资源与利用科研试验基地、武陵山区萝卜与功能蔬菜研发中心等研究所研究部门：种质资源研究室、南方饲料作物与利用研究室、一年生麻类育种研究室、多年生麻类育种研究室、特色蔬菜育种研究室、栽培研究室、麻产品研究室、生物加工研究室、植物保护研究室 

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