中国农业科学院作物科学研究所学科建设据2017年5月研究所官网显示，研究所拥有8个二级学科博士点、9个二级学科硕士点
二级学科博士点：生物化学与分子生物学、作物栽培与耕作学、作物遗传育种、植物病理学、作物种质资源学、农产品质量与食物安全、信息技术与数字农业、生物信息学 二级学科硕士点：生物化学与分子生物学、食品科学、作物栽培与耕作学、作物遗传育种、植物病理学、生物信息学、作物种质资源学、农产品质量与食物安全、信息技术与数字农业
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