中国农业科学院果树研究所研究部门据2017年11月研究所官网显示，研究所拥有国家级平台3个、农业部重点实验室2个、农业部质量监督检验测试中心1个、农业部野外台站1个、中国农业科学院重点开放实验室1个、中国农业科学院工程技术中心1个、中国农业科学院野外台站1个、中国农业科学院培训中心1个，研究所设有6个研究中心

  国家级平台：国家果树种质兴城梨 /苹果圃、国家苹果育种中心、国家落叶果树脱毒中心农业部重点实验室：农业部园艺作物种质资源利用重点实验室、农业部果树种质资源利用重点开放实验室农业部质量监督检验测试中心：农业部果品及苗木质量监督检验测试中心（兴城）农业部野外台站：农业部兴城北方落叶果树资源重点野外科学观测试验站中国农业科学院重点开放实验室：中国农业科学院果树种质资源与育种技术重点开放实验室中国农业科学院工程技术中心：中国农业科学院苹果、梨工程技术中心中国农业科学院野外台站：中国农业科学院葫芦岛落叶果树生理生态及有害生物野外科学观测试验站中国农业科学院培训中心：中国农业科学院兴城农村实用技术培训中心 研究所研究中心：果树资源与育种研究中心、果树栽培与生理研究中心、果树植物保护研究中心、果品采后技术研究中心、果品质量安全研究中心、果品信息技术研究中心 

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