中国农业科学院茶叶研究所科研部门据2016年12月研究所官网显示，研究所拥有国家改良中心1个、国家农作物种质圃1个、国家工程技术研究中心1个、国家加工分中心1个、农业部重点实验室1个、国家野外台站1个、农业部野外台站1个、中国农业科学院野外台站1个、研究所研究中心7个；建有浙江省茶产业科技创新服务平台1个、农业部茶叶质量监督检验测试中心1个

国家改良中心：国家茶树改良中心 国家农作物种质圃：国家种质杭州茶树圃 国家工程技术研究中心：国家茶产业工程技术研究中心 国家加工分中心：国家农产品加工研发中心茶叶加工分中心 农业部重点实验室：农业部茶树生物学与资源利用重点实验室 国家野外台站：杭州茶树国家野外科学观测研究站 农业部野外台站：农业部杭州茶树资源重点野外科学观测试验站 中国农业科学院野外台站：中国农业科学院杭州茶树资源野外科学观测试验站 研究所研究中心：茶树资源与改良研究中心、茶树种植工程研究中心、茶叶加工工程研究中心、茶叶质量标准与检测技术研究中心、茶叶质量认证发展研究中心、茶业经济与信息研究中心、农产品质量安全研究中心 

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