中国农业科学院生物技术研究所科研部门据2017年5月研究所官网显示，研究所拥有6个研究室、1个农业部重点实验室、1个农业部监督检验测试中心、1个北京市重点实验室、1个联合实验室、1个开放实验室、2个中国农业科学院研究中心、5个试验基地（站）、2个挂靠学会

 研究所研究室：作物基因组与遗传改良研究室、植物分子与生物学研究室、作物分子育种研究室、微生物酶工程研究室、分子微生物学研究室、转基因生物安全研究室 农业部重点实验室：农业部农业基因组学重点实验室（北京） 农业部监督检验测试中心：农业部转基因植物用微生物环境安全监督检验测试中心 北京市重点实验室：农业基因资源与生物技术北京市重点实验室 联合实验室：中国——巴西农业科学联合实验室 开放实验室：中关村开放实验室 中国农业科学院研究中心：中国农业科学院生物反应器技术研究中心、中国农业科学院玉米功能基因与分子改良研究中心 试验基地（站）：河北（廊坊）生物育种综合试验基地、北京（平谷）棉花生物育种试验基地、湖北（麻城）棉花生物育种长江流域试验站、海南南繁生物育种试验基地、辽宁（营口）耐盐基因研究与遗传改良试验站 挂靠学会：中国农业生物技术学会、中国生物工程学会农业生物工程专业委员会 

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