中国社会科学院世界宗教研究所组织机构佛教研究室成立于1964年，是研究所最早建立的分支学科之一
基本任务是研究考察中国、亚洲和世界佛教的历史，佛教内部的各种流派、教义理论、经典著述以及各国的佛教现状，佛教与政治、文化的关联、其发展的新趋势等
该室在中国佛教、佛教典籍，日本和朝鲜佛教，以及印度和南传佛教研究等方面取得了不少科研成果，共中《中国佛教史》的学术价值在中外学术界得到公认；《中华大藏经》（汉文部分）等书籍获国家图书奖
该室与各国佛教学术交流也取得很大成绩，其中与日本合作召开了五次佛教学术会议
截止到2011年，该室承担有国家社科基金资助项目“敦煌已入藏文献综录”、“佛教唯识哲学研究”，院级项目“新编敦煌遗书总目索引”、“吐蕃时期的宁玛派研究”、“明代佛教与政治文化”等，所级重点课题“新兴宗教与日本社会”、“南传佛教与现代化的调适”、“佛教大藏经研究”、“藏传佛教出家女性研究”等
基督教研究室基督教研究室的主要任务和目标是从思想、历史与文化的角度，对包括新教、天主教和东正教在内的整个基督教做出全面深入的学术研究
主要开展的研究学科和领域包括：（1）基督教史；（2）基督教思想史；（3）基督教与社会文化的关系；（4）基督教在中国处境中的发展
该室与世界宗教所一道成立于1964年；已经取得了大量具有影响力的优秀科研成果，在国内保持着领先发展的态势和一流的学术水平，并在国际上拥有一定的知名度和影响力；是国内历史发展最悠久、学科门类最齐全、专业研究最系统的基督教学术研究机构
一些著名的基督教研究学者譬如赵复三、郑建业、高望之、颜昌友、唐逸、卓新平、乐峰、任延黎、段琦等人都曾经为推动研究室的发展做出过重要的贡献
该室为中国社科院重点研究室
伊斯兰教研究室成立于1964年，是全国唯一从事伊斯兰教及相关专题研究的学术研究机构，是研究所所最早建立的分支学科之一
一直以学科建设为重点，积极开展学科前沿的研究和作为社会和国际热点的对策应用研究
该室研究范围包括伊斯兰教史、伊斯兰教法、苏非主义、中国伊斯兰教、伊斯兰与国际问题、民族问题等方面，在国内伊斯兰教研究领域中居领先地位，在国际上也有较大影响，其成员曾多次参加欧美国家召开的学术讨论会、出国讲学，并兼任联合国教科文组织有关研究项目的负责人
截止到2011年，承担有国家社科基金项目“伊斯兰教与国际政治关系研究”、“当代宗教极端主义研究”、“苏非主义研究”；院重大课题“宗教改革史”、“宗教极端主义研究”；院级课题“从土耳其社会世俗化看宗教演变”;所级课题“伊本.阿拉比研究”、“伊朗十叶派研究”
主要成果有《伊斯兰概论》、《伊斯兰教史》、《中国伊斯兰教史》、《伊斯兰与国际热点》、《近现代伊斯兰教思潮和运动》、《伊斯兰教文化面面观》、《当代伊斯兰教》、《伊斯兰教与国际政治》、《伊斯兰教在中国》、《刘智思想研究》、《伊斯兰文化丛书十二种》、《宗教词典》（伊斯兰教部分）、《伊斯兰教词典》、《宗教大词典》（伊斯兰教犹太教等部分）、《简明中国大百科》（伊斯兰教部分）、《伊斯兰文明》、《伊斯兰教学》、《伊斯兰教法概略》、《中国的伊斯兰教》、《当代伊斯兰教法》等
道教研究室成立于1979年，该室以研究道教和中国民间宗教为主，涉及其历史、哲学、文化、典籍、方术和修炼等方面的研究，发表了大量高水准的论文及专著，其中《中国道教史》、《道藏提要》、《中国民间宗教史》等成果在海内外引起较大反响
此外该室还与港台学者以及日、美、德、法等国的研究机构和学者进行了多次项目合作及学术交流
截止到2011年，承担有国家社科基金资助项目“民间宗教资料集成”、“炼丹术史”、“敦煌道教文献研究”、“中国历代王朝对民间宗教的政策措施”，院级课题“北宋道家道教研究”、“国外宗教法案汇编”，所级课题“唐代道教医学”、“道教科仪研究”
儒教研究室成立于1979年，是以中青年为学术带头人，研究力量雄厚的研究室
主要从事以儒教及儒家学说为核心的中国传统思想文化研究，在国内中国传统宗教、中国古代思想史、哲学史和文化史研究领域有较高学术地位和明显优势，截止到2011年，完成了大量专著和论文，其中《中国哲学发展史》、《何晏王弼玄学新探》等专著已引起海内外学术界的高度重视
已完成课题有国家社科基金项目“儒教史”、“从《周礼》看中国国家宗教的特征”，所级项目“儒家的宗教观及其现代意义”
宗教学理论研究室成立于1978年，为该所实力较强的分支学科之一
该室在研究、译介近代西方宗教学各分支学科的成果方面取得了显著成绩，在结合中国实际开创马克思主义宗教学方面做了不少基础工作，完成发表了大量专著、译著和论文，其中《宗教学通论》一书多次获奖，其学术价值在国内学术界得到公认
截止到2011年，承担有国家社科基金项目"中国宗教与中国文化"、"宗教神秘主义研究"、"宗教人类学导论"、"宗教学思想史"，所级课题"宗教社会心理学的方法与理论"
当代宗教研究室成立于1992年，该室为横向设置机构，主要从事宗教现状调查和专题研究，偏重于国内现实问题的研究，已与中国主管宗教事务部门、宗教团体、及有关研究机构建立起广泛的联系，并组织了几次全国性的国内宗教现状与理论的学术研讨会
截止到2011年，承担有院重大科研项目"宗教与社会主义社会相适应的理论与实践"，所级课题"当代犹太教"
宗教文化艺术研究室成立于1992年，该室基于文物研究，以中国的宗教文化艺术遗存为其探究对象，涉及考古学、建筑学、石窟研究、中国佛教艺术史等领域
主要从事中国佛教文化景点、艺术发展等方面的考察研究，截止到2011年，承担有国家社科基金重点课题“中国宗教艺术史”，院级课题“侵略战争中的日本佛教”，所级课题“陕西淳化金川湾石窟三阶教刻经研究”、“唐、辽、南诏-大理、南宋密教图像研究”、“创价学会和法华系各宗派研究”等
世界宗教研究杂志社世界宗教研究杂志社（部）成立于1979年，1997年改称世界宗教研究杂志社
截止到2011年，该社有成员9人，副编审3人
负责《世界宗教研究》（季刊）、《世界宗教文化》（季刊）、《中国宗教研究年鉴》的出版
《世界宗教研究》，创刊于1979年，主编卓新平，副主编黄夏年
主要登载国内外学者的学术论文，介绍国内外宗教学研究动态和重要资料，是国内宗教学领域最具权威的学术性刊物
《世界宗教文化》，原（《世界宗教资料》，1994年改为现名），主编黄夏年，副主编李建欣
该刊宗旨是：介绍各种宗教文化知识，评析各种宗教大事和热点，探讨宗教理论教义的发展，服务国家，服务社会，服务人生，是一份面向普通大众和各种宗教信仰者的普及性、知识性的宗教文化刊物
《中国宗教研究年鉴》，主编曹中建，副主编张新鹰、黄夏年、于光，是国内第一部反映中国学术界宗教学研究的年鉴
全书分论述和资料两部分，是了解中国宗教及宗教学研究状况，查阅宗教动态信息的权威性参考书
现第一部1996年卷、第二部1997－1998年卷、第三部1999—2000年卷已出版
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