中国科学院南京地质古生物研究所科研成果据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所在建所以来，共在科学刊物上发表论文8000余篇、各种科技专著380余册；在古生物分类研究中，建立1500多个新属，12000多个新种；自1956年以来，有200余项科研成果获得国家、中国科学院及省部级奖励，其中27项获国家级奖励，特别是在早期生命起源和寒武纪大爆发、重大地史时期生物的辐射、灭绝与复苏、全球界线层型、早期植物的起源与演化等领域获得了一系列研究成果

 重大研究成果举例：1、六亿年前最早的地衣化石（Science，2005）、前寒武纪两侧对称动物演化的证据（Science，2006）以及6.32亿年前动物休眠卵化石（Nature，2007）等重大发现连续三年被评为“中国基础研究十大新闻”

2、“澄江动物群与寒武纪大爆发”（与云南大学、西北大学合作）获得2003年度国家自然科学奖一等奖

3、“全球二叠系-三叠系界线层型研究”（与中国地质大学合作）获2002年度国家自然科学奖二等奖

4、“寒武系和奥陶系全球层型剖面和点位（金钉子）及年代地层划分”获2008年度国家自然科学奖二等奖

5、“中国的乐平统和二叠纪末生物大灭绝”获得2010年度国家自然科学奖二等奖

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