中国医学科学院基础医学研究所交流所（院）具有良好的学术交流和合作基础，在国内外享有较高的声誉和地位，许多专家在国际、国内学术机构担任重要职务
世界卫生组织（WHO）在所（院）设有免疫学研究合作中心和遗传病控制中心
中国免疫学会、中国生物医学工程学会、中国解剖学会、中国生化及分子生物学学会医学生化专业委员会、北京生理科学会、中华医学会医学遗传学会等学术机构挂靠在所（院）
《基础医学与临床》杂志由所（院）与协和医院合作承办
近年来，所（院）充分发挥人才与技术优势，在（基因、单克隆抗体）诊断试剂、基因工程药物、中西药物以及高分子材料等研发方面取得突出进展，并与国内外二十余家企业建立了良好的合作关系
已申报发明专利100多项、获得发明专利授权16项、新药证书10项，其中用于眼角膜创伤修复和皮肤创伤修复的重组人表皮生长因子滴眼剂和凝胶分别获得基因工程I类新药证书
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