中国医学科学院医药生物技术研究所科研平台截至2018年，药生所设有多个国家及省部级重点实验室与科研平台：中国药学微生物菌种保藏管理中心、卫健委抗生素生物工程重点实验室、抗感染药物研究北京市重点实验室、抗病毒药物临床前药效评价基地、国家新药（微生物）筛选实验室、抗菌药物药效学评价平台、抗癌药物临床前药效学评价平台、抗生素临床前药代动力学评价平台、首都科技条件平台开放实验室等
美国肿瘤基金会（NFCR）在药生所内设置的分子药理研究中心，与美国著名制药公司建立的抗HCV/TB药物研究平台及抗代谢综合症药物研究平台
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