中国医学科学院病原生物学研究所重点实验室始建于1987年，1989年通过验收并正式开放运行，是国内最早进行分子病毒学基因工程研究的国家重点实验室，连续多次被评为优秀国家重点实验室

目前实验室主任为金奇研究员

实验室主要从事分子病毒学和病毒基因工程的应用基础研究

其研究方向为：（1）研制防治严重病毒病和病毒相关恶性肿瘤的生物技术药物；（2）重要病毒的基因组和蛋白质结构与功能；（3）病毒基因组表达的调节与控制；（4）病毒元件与病毒载体

目前主要研究内容包括：（1）病毒相关新型细胞因子基因工程；（2）防治病毒病的新型疫苗与抗体工程；（3）病毒基因组结构与功能，病毒载体；（4）病毒核酸芯片等诊断技术；（5）重要病毒的分子流行病学；（6）病毒及其它微生物的比较基因组学

为适应国家对重大传染性疾病的防治需求，重点实验室将对细菌和 真菌性疾病及其他病原的研究进行调整补充

建室以来，实验室取得了一系列重大科研成果：（1）在基因组工程研究方面,完成了最大的动物病毒??我国痘苗病毒天坛株以及禽腺病毒、肠道病毒71等基因组全序列的测定与分析之后，又在国际上首先完成引起我国常见病痢疾的病原菌、福氏痢疾杆菌2a基因组的全序列测定与分析；（2）在国际上首先发现并证明大肠杆菌增强子样序列，并利用这项发现应用于基因工程药物的开发研究,研制成功两种通用性强的新型大肠杆菌高效表达载体，成为国内基因工程室最常用的生物材料之一；（3）在抗病毒研究方面，研制成功基因工程人α型干扰素系列产品，成为我国第一批投放市场的高新技术产品，其中a1b型干扰素系I类新药，属我国首创，用于治疗我国常见病、多发病；（4）在中药抗病毒的研究方面，首次发现中药黄芪的抗病毒感染作用，并阐明了黄芪与干扰素在抗病毒作用上的协同作用

实验室先后获得省部级以上奖项40余项，其中国家科技进步一等奖1项，国家科技进步二等奖7项，国家自然科学二等奖1项，国家发明三等奖1项，国家自然科学四等奖1项，卫生步科技进步一等奖10项；先后获新药证书9个；在国内外包括《Cell》、《Science》等著名学术刊物上发表科研论文近500余篇、专著10余册，专利50余项，培养博士研究生百余人

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