中国医学科学院药用植物研究所科研平台据2018年3月官网资料显示，药植所获批建立了濒危药材繁育国家工程实验室、国家药用植物种质资源库、国家化合物库、中草药物质基础与资源利用教育部重点实验室、中药资源教育部工程研究中心、国家中医药管理局中药资源保护重点研究室、中药（天然药物）创新药物发现及转化医学北京市重点实验室、海南省南药资源保护与开发利用重点实验室、国家中医药管理局中医药国际合作基地、全国药用植物园联盟、全国中药材生产技术服务平台及天然药物、健康产品的研究与开发中关村开放实验室等一批科研和学术交流基地 

研究中心：药用植物栽培研究中心、资源研究与保护中心、药用植物亲缘学研究中心、药用植物鉴定研究中心、天然药物化学研究中心、制剂研究中心、分析研究中心、药理毒理研究中心、生物技术研究中心

分所：中国医学科学院药用植物研究所云南分所、中国医学科学院药用植物研究所海南分所、中国医学科学院药用植物研究所广西分所、中国医学科学院药用植物研究所新疆分所、中国医学科学院药用植物研究所重庆分所、中国医学科学院药用植物研究所贵州分所、中国医学科学院药用植物研究所湖北分所 

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