中国科学院福建物质结构研究所所徽标识中三个菱面代表该所三个研究领域：结构化学、晶体材料和应用化学
中心辐射的三条白线代表激光、X射线和光谱线，也代表科学研究面向世界、面向建设、面向社会的宗旨
图形中心"Y"是"育"的拼音字首，代表该所培育新人的任务
"FJIRSMCAS"是所名的英文缩写
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