上海市肿瘤研究所设施设备据2018年1月研究所官网资料显示，研究所占地面积6356平方米，拥有实验室空间10500平方米，分别位于两个区域，其中徐汇区斜土路7500平方米，上海交通大学闵行校区3000平方米
研究所建有科学研究公共平台，拥有定性/定量AB Sciex 5600/6500质谱系统、Thermo Ion Proton二代测序系统、Beckman MoFlo XDP/ Astrios流式分选平台、小动物活体成像/活体计算机断层扫描系统、蛋白质相互作用分析系统（Akata蛋白质纯化、Biacore蛋白质相互作用、全自动Wes蛋白质印迹系统），影像学分析平台（荧光显微镜、单光子共聚焦显微镜及双光子共聚焦显微镜）等六十余套大型仪器设备以及符合国家标准的免疫缺陷实验动物中心等大型设施，设备总投资达1亿元
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