中国机械科学研究总院集团有限公司展望未来1999年5月，科技部、国家经贸委将国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构实施转制，机械科学研究院以及同属机械工业部的哈尔滨焊接研究所、沈阳铸造研究所、郑州机械研究所、武汉材料保护研究所、北京机械工业自动化研究所、北京机电研究所等与机械科学研究院重组，整体转制为中央直属大型科技企业，划归中央大企业工委管理
1999年7月，国家机械工业局将重组各单位的全部资产划入机械科学研究院，干部的管理、任命权移交给机械科学研究院
1999年10月，外交部正式批准机械科学研究院获得独立的外事审批权
2000年4月正式在国家工商总局注册，至此，机械科学研究院结束了长达43年的事业单位体制，转变为企业
2000年中央企业工委组建，机械科学研究院与其他中央企业一起划归中央大企业工委管理
2000年，机械工业部第一设计研究院正式进入机械科学研究院
2002年3月，经国家经贸委国经贸企字（2002）179号文正式批复，以机械科学研究院为主，联合北京市大地科技实业总公司、钢铁研究总院、新疆天业（集团）有限公司、中国农业机械化科学研究院和北京矿冶研究总院作为发起人，共同发起设立了机科发展科技股份有限公司
2005年12月，机械科学研究院下发了《机械科学研究院资本收益管理暂行办法》、《机械科学研究院收缴子企业资本收益的管理及使用暂行办法》，开始收缴子企业部分资本收益用于激励和技术开发，同时规范资本收益管理、使用等
2006年6月，经国资委批准“机械科学研究院”更名为“机械科学研究总院”
2019年9月6日，云南省机械研究设计院进入机械科学研究总院集团有限公司的欢迎会举行
自此，云南机械院成为中央在滇科研院所，机械总院集团通过重组云南机械院进入云南
2020年4月，入选国务院国资委“科改示范企业”名单
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