中国水产科学研究院淡水渔业研究中心研究部门据2018年1月中心官网显示，中心设有7个研究室、4个实验基地，拥有1个农业部重点实验室、1个农业部风险评估实验室、4个农业部野外台站、1个农业部试验机构、2个农业部育种中心、1个中国水产科学研究院重点实验室、1个中国水产科学研究院工程技术研究中心、1个江苏省良种场，是农业部新渔药临床中心指定单位

 农业部重点实验室：农业部淡水渔业与种质资源利用重点实验室农业部风险评估实验室：农业部水产品质量安全环境因子风险评估实验室（无锡）农业部野外台站：农业部长江下游渔业资源监测站、农业部长江下游渔业生态环境监测中心、农业部长江下游渔业资源环境科学观测实验站、农业部水产动物营养与饲料科学观测试验站农业部试验机构：农业部饲料和饲料添加剂有效性试验机构农业部育种中心：农业部长江流域鱼类遗传育种中心、农业部罗非鱼遗传育种中心中国水产科学研究院重点实验室：中国水产科学研究院长江中下游渔业生态环境评价与资源养护重点实验室中国水产科学研究院工程技术研究中心：中国水产科学研究院长江特色鱼类工程技术研究中心江苏省良种场：江苏省省级青虾良种场中心研究室：生物技术研究室、渔业环境保护研究室、大水面增养殖研究室、水产养殖研究室、水产病害与饲料研究室、渔业经济和信息研究室、水产遗传育种研究室中心实验基地：南泉实验基地、屺亭实验基地、大浦实验基地、扬中实验基地 

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