敦煌研究院历任领导第一任院长：常书鸿 第二任院长：段文杰 1984年，经甘肃省委、省政府批准，敦煌文物研 究所扩建为敦煌研究院，段文杰任院长，常书鸿任名誉院长，吴坚为首席顾问

1998年4月始，樊锦诗任院长，党委副书记为孟繁新,段文杰为名誉院长，吴坚为首席顾问，副院长为马正乾、刘会林、李最雄

下设党委办公室、行政办公室、保卫处、保护研究所、美术研究所、考古研究所、文献研究所、敦煌石窟文物保护研究陈列中心、敦煌资料中心、部、摄影录像部、接待部、学术委员会

全院职工有248人， 其中研究馆员8人、副研究馆员16人、馆员51人

这一时期，实施整体、综合、科学保护，增加了敦煌文献的研究，拓宽了敦煌石窟研究领域，不仅继续深入研究佛教内容和艺术，而且研究了石窟时代、历史，及壁画中社会文化与艺术的各种专题

此外，还建立了博物馆（即陈列中心）；敦煌石窟开始对外开放，与国内外进行广泛的学术交流；创办了学术刊物《敦煌研究》；刊布了一大批研究成果

敦煌研究院是集保护、研究多种业务的综合性研究机构

由于在文化遗产保护事业的改革与发展中作出了突出贡献，2007年5月24日，敦煌研究院被国家人事部和国家文物局授予全国文物系统先进集体的光荣称号

   2014年12月至2019年4月王旭东任敦煌研究院院长 

2016年3月，张先堂、赵声良任敦煌研究院副院长（试用期一年）

 2019年5月25日，敦煌研究院召开全院干部大会，宣布赵声良同志任敦煌研究院院长、党委副书记，马世林同志任敦煌研究院党委书记，苏伯民同志任敦煌研究院副院长（试用期一年）

 2021年8月1日上午，敦煌研究院召开干部大会，甘肃官方派员宣读了任免文件，敦煌研究院院长赵声良任院党委书记，敦煌研究院副院长苏伯民任院长

 2021年12月27日，免去程亮的敦煌研究院副院长职务 

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