国家纳米科学中心科研部门截至2015年3月，国家纳米科学中心建有3个中国科学院重点实验室，2个所级技术室，1个所级发展研究中心，与北京大学、清华大学、中国科学院福建物构所等单位共建协作实验室19个

  中国科学院重点实验室：中国科学院纳米生物效应与安全性重点实验室、中国科学院纳米标准与检测重点实验室、中国科学院纳米系统与多级次制造重点实验室  所级技术室：纳米检测技术室、纳米加工技术室  国家纳米科学中心与其他单位共建协作实验室协作实验室名称所在单位材料学院电镜室清华大学分析中心清华大学材料科学与工程研究院中心实验室清华大学电子显微镜实验室北京大学纳米器件物理与化学教育部重点实验室北京大学纳米化学研究室北京大学北京核磁共振中心北京大学人工微结构与介观物理国家重点实验室北京大学微加工实验室中国科学院物理研究所先进材料与结构分析实验室中国科学院物理研究所分析测试中心中国科学院化学研究所分子纳米结构与纳米技术实验室中国科学院化学研究所功能界面材料实验室中国科学院化学研究所北京同步辐射实验室中国科学院高能物理研究所血管医学研究所分子心血管学实验室北京大学医学部纳米加工与新器件集成技术实验室中国科学院微电子研究所多相反应重点实验室中国科学院过程工程研究所纳米药理毒理学重点实验室军事医学科学院纳米结构组装与功能重点实验室中国科学院福建物质结构研究所资料来源： 

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