中国科学院计算机网络信息中心科研部门据2023年4月中心官网显示，中国科学院计算机网络信息中心有13个业务部门、2个院非法人单元、3个实验平台
业务部门（13个）：科技云运行与技术发展部、高性能计算技术与应用发展部、大数据技术与应用发展部、管理信息化技术与应用发展部、新媒体技术与应用发展部、网络空间安全技术与应用发展部、人工智能技术与应用发展部、先进网络技术与应用发展部、科研信息化技术与应用实验室、先进交互式技术与应用实验室、区域创新先进信息技术实验室（筹）、信息化资源推广与服务部、信息化发展战略与评估中心院非法人单元（2个）：中国科学院科学新闻中心、中国科学院计算科学应用研究中心实验平台（3个）：大数据分析与计算技术国家地方联合工程实验室、大数据应用服务技术北京市工程实验室、中国科学院青海湖国家级自然保护区联合科研基地
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