微生物学报收录情况据2018年3月中国知网显示，《微生物学报》被CA 化学文摘（美）（2014)）、JST 日本科学技术振兴机构数据库（日）（2013）、Pж(AJ) 文摘杂志（俄）（2014）、CSCD 中国科学引文数据库来源期刊（2017-2018年度）（含扩展版）、北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊（1992年第一版、996年第二版、2000年版、2004年版、2008年版、2011年版、2014年版）等收录
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