中国水土保持学会机构设置最高权力机构学会的最高权力机构是全国会员代表大会，全国会员代表大会的职权是：（一）制定学会的工作方针和任务；（二）制定和修改学会章程；（三）选举和罢免理事；（四）审议理事会的工作报告和财务报告；（五）决定学会终止事宜；（六）决定其他重大事宜

全国会员代表大会每届五年召开一次

全国会员代表大会须有三分之二以上会员代表出席方能召开，其决议须经到会的全国会员代表半数以上通过方能生效

因特殊情况需提前或延期时，必须经学会常务理事会研究决定，报学会的业务主管单位审查，并报民政部社团登记管理机关批准同意，但提前或延期最长不超过一年

 执行机构理事会是全国会员代表大会的执行机构，在闭会期间领导学会的工作，对全国会员代表大会负责

理事会的职权是：（一）执行全国会员代表大会的决议；（二）选举和罢免理事长、副理事长、常务理事、秘书长；（三）筹备召开下届全国会员代表大会；（四）向全国会员代表大会报告工作和财务情况；（五）决定设立办事机构、分支机构、实体机构；（六）决定副秘书长、各工作委员会主要负责人的聘任；（七）领导所属机构开展活动；（八）制定内部管理制度并监督其执行情况；（九）开展奖励和表彰活动，审议、批准会员入会和会员除名；（十）增补理事或常务理事，终止无法执行理事任务的理事、常务理事；（十一）决定学会其他重大事项

理事人选由省（区、市）水土保持学会和专业委员会按分配名额推荐，理事每届更新应不少于三分之一

理事人选应是学术上有成就，学风正派，能参加学会实际工作的有关水土保持的科学家、专家和中青年科技工作者，以及热心学会工作并从事水土保持有关组织管理工作的干部

理事和常务理事若因工作变动不能履行职责者，经理事会或常务理事会审议，征求推荐单位意见，予以变更和增补

理事会每年召开一次会议，情况特殊时也可采用通讯形式召开

理事会须有三分之二以上理事出席方能召开，其决议须经到会三分之二以上理事表决通过方能生效

学会设立常务理事会

常务理事会由理事会选举产生，在理事会闭会期间行使第十六条的第一、三、五、六、七、八、九、十、十一款的职权，并对理事会负责

常务理事会每半年召开一次会议，特殊情况也可采取通讯形式召开

常务理事会须有三分之二以上的常务理事出席方能召开，其决议须经到会三分之二以上常务理事通过方能生效

 组织机构中国水土保持学会办事机构是秘书处，设有办公室、财务部、组织宣传部、学术交流部、水平评价中心、继续教育培训部、科普工作部、期刊部、国际合作部和奖励工作办公室

据2023年4月学会官网显示，中国水土保持学会有14个专业委员会，共有28个省级水土保持学会

 类别下属机构专业委员会中国水土保持学会水土保持学科建设和人才培养专业委员会、中国水土保持学会小流域综合治理专业委员会、中国水土保持学会水土保持监测与信息化专业委员会、中国水土保持学会滑坡泥石流防治专业委员会、中国水土保持学会水土保持植物专业委员会、中国水土保持学会科技产业工作委员会、中国水土保持学会工程绿化专业委员会、中国水土保持学会水土保持规划设计专业委员会、中国水土保持学会黄河专业委员会、中国水土保持学会土壤侵蚀专业委员会、中国水土保持学会林草生态修复工程专业委员会、中国水土保持学会崩岗防治专业委员会、中国水土保持学会城市水土保持生态建设专业委员会、中国水土保持学会风蚀防治专业委员会、中国水土保持学会科技协作工作委员会、中国水土保持学会预防监督专业委员会 省级学会北京水生态与水土保持学会、江苏省水土保持学会、广西水土保持学会、青海省水土保持学会、广东省水土保持学会、湖北省水土保持学会、福建省水土保持学会、山东水土保持学会、云南省水土保持学会、河南省水土保持学会、新疆自治区水土保持学会、宁夏自治区水土保持学会、海南省水土保持学会、新疆生产建设兵团水土保持学会、浙江省水土保持学会、湖南省水土保持学会、重庆市水土保持学会、贵州省水土保持学会、河北省水土保持学会、安徽省水土保持学会、内蒙古自治区水土保持学会、山西省水土保持学会、陕西省水土保持学会、江西省水土保持学会、辽宁省水土保持学会、吉林省水土保持学会、甘肃省水土保持学会、四川省水土保持学会  

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