农药学学报荣誉表彰该刊获“全国高校优秀期刊评比优秀出版质量奖”（04）、全国优秀农业期刊评选学术类期刊二等奖（第四届）、首届《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范》执行优秀奖
2009年，年度“中国科技论文在线优秀期刊”评选中，《农药学学报》获一等奖
2010年，年度“中国科技论文在线优秀期刊”评选活动中获二等奖
2011年，《农药学学报》被评为第2届“中国精品科技期刊”
2013年，中国科技论文统计结果发布会《农药学学报》被入选“百种中国杰出学术期刊”
2018年，年度该刊被入选“中国高校杰出·百佳·优秀科技期刊”
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