首都医科大学生物医学工程学院合作交流学院先后与美国约翰.霍普金斯大学、匹茨堡大学、西北大学、加州大学、香港理工大学等建立了交流与合作关系，与国内清华大学、中国科学院生物物理研究所、自动化研究所等单位有良好的合作关系；作为该校客座教授和生物力学研究中心名誉主任的美国约翰．霍普金斯大学赵以苏教授捐资设立的“亚洲骨科教学与研究基金会奖学金”对学院的生物力学学科发展与建设做出了贡献，钱煦教授、洪庭侃教授等知名学者的悉心指导为该院的学科发展与建设起到了积极的促进作用
该学院是中国生物医学工程学会、北京生物医学工程学会的理事单位、中国生物医学工程学会医学物理分会的副理事长和挂靠单位、中华医学会医学工程学分会的主任委员和挂靠单位、国家教育部生物医学工程本科教学指导委员会委员单位、教育部高等医药院校现代教育技术与计算机教学指导委员会的主任委员和挂靠单位，和全国高等现代计算机基础教育研究会医学计算机教育分会的主任委员和挂靠单位
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