上海科学院科研成果2016年，院系统在研科研项目2130项，其中，当年新开854项，新开项目合同金额16.56亿元

共获得各类科技成果奖65项

院系统各单位共在国内外期刊发表论文487篇，其中，国内核心期刊发表论文416篇

上海生物信息技术研究中心的《关于肝细胞癌的科研工作》发表在国际著名学术期刊《CancerCell》（《癌细胞》）上，影响因子23.214

院系统各单位主编或参与制定技术标准246项，其中国家标准19项

共申请专利586项，其中区发明专利356项，占申请专利总数的60.75%；获授权专利326项，其中发明专利121项，占授权专利总数的37.12%；申请软件著作权174项，获软件著作权140项

上海人类基因组研究中心承担的“乙型肝炎病毒感染相关肝癌的功能基因组研究”项目荣获高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）自然科学一等奖，中国船舶重工集团公司第七〇一研究所上海分部“某型舰研制”获国家科技进步奖一等奖

中国船舶重工集团公司第七〇四研究所“国产某装置”、中国船舶工业集团公司第七〇八研究所“X型登陆舰”、核工业第八研究所“XX机专用设备”均获国家科技进步奖二等奖 

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