中国中医科学院望京医院科室设置医院设有急诊科、重症监护病房（ICU）、心血管内科（内设CCU）、肾病内分泌科、脾胃病科、呼吸科、风湿病科、肿瘤科、脊柱科、创伤科、骨伤综合科、骨关节科、外科、妇科、儿科、针灸科、血液净化中心、治未病科、康复科等34个临床科室和9个医技科室
骨伤科是国家临床重点专科，国家中医药管理局重点学科、重点专科，国家中医药管理局筋伤治疗手法重点研究室；肾病科是国家临床重点专科、国家中医重点专科；脾胃病科是国家临床重点专科、国家中医重点专科建设单位；康复科是国家临床重点专科、国家中医重点专科；眼科是国家中医重点专科协作组成员单位；急诊科是国家中医重点专科、全国中医急诊临床基地建设单位；重症医学科是国家中医重点专科培育项目单位；风湿病科是国家中医重点专科；肿瘤科是国家中医重点专科建设单位；呼吸科是国家中医重点专科建设单位；针灸科是全国针灸医疗中心北京分中心，北京市中医管理局重点专科；妇科是北京市中医管理局重点专科；心血管科是国家中医重点专科协作组成员单位；儿科是北京市中医儿科诊疗中心建设单位
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