河南农业大学开拓发展1996年，经国家科技部批准，学校组建国家小麦工程技术研究中心

2000年，河南农业大学获得一级学科博士授予学科，成为河南省第一个获得一级博士学科的高校

2002年，河南农业大学在教育部本科教学评估中获得优秀，成为河南省首个被评为优秀的本科院校

2003年，批准2个博士后科研流动站，成为本科-硕士-博士-博士后授予权的多层次大学

2006年，启用“明德 自强 求是 力行”新校训

2007年8月，河南农业大学“作物学”学科被评选为一级国家重点学科，成为河南省首个一级国家重点学科，也是全国省属院校中唯一一个农学类的一级国家级重点学科2008年6月，河南农业大学在教育部本科教学评估中获得优秀，成为河南省唯一一个连续两次获得优秀的本科院校

2009年9月29日，河南省省委书记和省长共同出席河南农业大学郑东新区龙子湖新校区奠基仪式，河南省重点建设项目——河南农业大学新校区的开工建设；同月，第七批博士后流动站审批结果公布，新增“林学，畜牧学，农林经济管理”三个博士后科研流动站，学校至此共有6个博士后科研流动站

11月10日，河南省省政府与农业部合作共建河南农业大学协议签字仪式在郑州举行，这标志着河南农业大学正式进入省部共建行列，成为全国第一个省部共建省属农业大学试点

12月18日，国家烟草总局与河南农业大学签署《中国烟草总公司与河南农业大学战略合作关系框架协议》

2010年9月，省部共建国家粮食作物生理生化与遗传改良重点实验室培育基地获准建立

同年，入选国家“特色重点学科项目”建设高校

 2011年1月14日，在北京举行的国家科学技术奖励大会上，河南农业大学作为第一完成单位的两个项目，双双获得国家科技进步二等奖，全省排名第一，全国排名第十六位

至此，河南农大已3年四获国家科技大奖

2011年5月，被教育部评为“全国毕业生就业典型经验高校”

 2011年底，学校入选国家建设高水平大学公派研究生项目

2012年4月，河南农业大学成立吴绍骙玉米研究院

7月6日，河南农业大学举办兴办高等农业教育100周年庆祝大会

8月，河南农业大学通过国家发改委等部门的“验收”，正式入选中西部高校基础能力建设工程（一期）

11月，河南省人民政府与国家林业局合作共建河南农业大学签字仪式在北京举行，这是继农业部、国家烟草专卖局之后第三次得到国家共建支持

  2013年4月，教育部公布“2011计划”首批入选高校名单，河南农业大学作为“2011计划”牵头高校参与的“河南粮食作物协同创新中心”成为首批14个协同创新中心

2017年7月，被教育部认定为“全国第二批深化创新创业教育改革示范高校”

 2019年8月，被教育部评为“全国创新创业典型经验高校”

 2020年6月，被河南省教育厅确定为河南省特色骨干大学建设高校； 11月，入选河南省特色骨干大学建设高校名单

 2021年5月15日，成为高等农林院校课程思政联盟理事会员单位

 2022年11月，河南农业大学畜禽生物育种行业学院获批立项为2022年度河南省特色行业学院建设单位

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