长江科学院院报影响因子据2018年9月21日中国知网显示，《长江科学院院报》总被下载711752次、总被引32649次、（2017版）复合影响因子为0.766、（2017版）综合影响因子为0.524
据2018年9月21日万方数据知识服务平台显示，《长江科学院院报》被引量为20783次，下载量为115350次；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《长江科学院院报》影响因子为0.62，在全部统计源期刊（6735种）中排第2265名，在水利工程（72种）中排第17名
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