北京大学第六医院科室设置目前，医院开放床位213张，设有病房8个
设有综合病房两个，收治来自全国各地的急症、重症、难治的精神障碍患者；设有特需医疗病房一个，面向高端人群和国外使领馆的外交人士；设有老年、儿童、临床心理病房等亚专科病房以及酒药依赖和厌食症等特色病种病房，为相关人群提供专科的精神卫生服务
门诊设有普通门诊、专家门诊、特需门诊、多专家会诊以满足不同层次、不同问题患者的就诊需求；还设有进食障碍、成瘾行为、睡眠障碍、记忆障碍、行为分析治疗、精神疾病康复咨询、心理治疗、老年儿童等相关专业门诊，以满足就诊者对专科或特殊方向的咨询和治疗需求
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